Los jugadores de Final Fantasy VI Pixel Remaster se han decepcionado al saber que la escena en la que Celes es golpeada por los soldados ha sido eliminada, ya que el momento fue censurado originalmente en la versión de Gameboy Advance del juego. En la versión original del juego, hay un momento en el que una general del imperio llamada Celes es encadenada y golpeada por los soldados, que finalmente fue modificado en el port de GBA para que no tuviera ninguno de los dos elementos. La escena original sin censura:
Aquellos que han jugado al Pixel Remaster se han enterado de que la censura sigue presente en esta versión, incluso en la iteración japonesa del juego:
Los críticos sugieren que este cambio se hizo para que el juego pudiera conseguir una clasificación CERO A, pero esta censura significa que los jugadores nunca tendrán la oportunidad de ver el juego tal y como estaba previsto (aparte de la versión original de Super Nintendo), y la escena en sí es bastante importante, ya que el RPG clásico contiene varios elementos oscuros.
Sin embargo, no es la primera vez que se censura el juego de rol, ya que en la versión original de Super Nintendo se censuraron varios gráficos y desnudos, e incluso se modificaron los carteles de los edificios. Se eliminaron las referencias a la religión, e incluso se cambió el nombre de Final Fantasy VI por el de Final Fantasy III en Occidente (debido a que sólo había tres entradas de la serie que se habían lanzado en Occidente en ese momento).
